Город был построен французами в 1912 году с целью развиватия торговли между городами атлантического побережья страны и Фесом, Мекнесом, которые находятся восточнее. В 1913 году было закончено строительство порта и состоялось его официальное открытие. В 1932, город был назван по имени своего создателя Port Lyautey, а после обретения Марокко независимости, название было изменено на Кенитра.
С семидесятых годов в Кенитре располагалась военная база, часть территории которой занимали американские военные. В 1991 американцы покинули базу в Кенитре.